Bár 1692-ben a budai magisztrátus, a városi tanács rendelettel megtiltotta, hogy az utcára öntsék a hulladékot,
ettől kezdve a budai polgárok a Hatvani-kapu elé hordták a szemetet,
ahonnét csak 40 (!) év múlva távolították el azt a városi tanács szigorú parancsára. A sok szenny és a rettenetes higénés állapotok miatt sorra ütötték fel a fejüket a gyilkos járványok. A kor legsúlyosabb és méltán rettegett járványa a pestis, a 17. század végétől 1691 és 1773 között többször is megtizedelte Buda lakosságát.
Mivel akkoriban még nem tudták, hogy a szörnyű kór terjedéséért a rengeteg szemétkupac és az utcákra kifolyt szennyvíz miatt mindenütt elszaporodó köztesgazda patkányok  a felelősök, hogy megakadályozzák a pestis terjedését, a magisztrátus árokkal vetette körbe a várost, és amikor kitört a járvány, lezárták Buda mind a négy kapuját is.
A fekete halált a kor embere Isten büntetésének vélte, ezért bűnbánatot tartottak, vezekeltek és fogadalmat tettek, aminek megerősítésére közadakozásból fogadalmi emlékeket építettek.
Nem sokáig állt a helyén az eredeti emlékmű. Az 1691-es járványt követő évben a város elöljárósága két olasz mestert, Ferretti Bernát szobrászt és Ceresola Vareio építészt bízta meg egy díszes fogadalmi emlékmű elkészítésére. Az emlékmű alapkövét 1700-ban rakták le,
de pénz híján a díszes barokk stílusú monumentumot csak 1706-ban állították fel a téren. A Rákóczi-szabadságharc idején 1709-ben újabb járvány ütötte fel a fejét, ekkor az eredeti emlékművet áthelyezték Újlak külvárosába, melynek helyébe a magisztrátus egy nagyobb, díszesebb szoborcsoportot szándékozott felállítani.
Ezt az ékesebb emlékművet Ungleich Fülöp szobrász, a rajta lévő domborműveket, címereket Hörger Antal faragta kőbe, és 1713. június 11-én avatták fel, ez áll mind a mai napig a Szentháromság téren.
Csak 1877-től viseli a tér a mai nevét. A budai várnegyed egyik legszebb és leghíresebb tere egyébként csak 1877-ben, Pest, Buda, és Óbuda egyesítése után kapta meg a Szentháromság tér elnevezést az emlékmű után, előtte Mária tér, Oszlop tér, Vásár tér, illetve Városháza piaca volt a híres tér neve. A díszes emlékmű párkányán hat szent  látható:
a sebeit mutató Szent Rókus, a feszülettartó Szent János, a kis Jézust a vállán tartó Szent Kristóf, a lángoló szívű Szent Ágoston, a liliomszálat tartó Szent József és nyilakkal a testében Szent Sebestyén. A párkány feletti három kiugró részen Szűz Mária, Keresztelő Szent János és Xavéri Szent Ferenc szobra látható. A talpazat felső részét angyalfejek, kerubok ékesítik, legfelül pedig a Szentháromság, az Atya, a Fiú, és a Szentlélek látható, utóbbi galambként megjelenítve. A párkány alatti dombormű Dávid király bűnbánó könyörgését, a Budai Várban dúló járvány borzalmait és a Szentháromságot örökíti meg. A domborművek között három címert fedezhetünk fel: a Habsburg császárét, Budáét, és Magyarországét.
Több műemlék is emlékeztet a múlt borzalmas járványaira Budapest területén azonban nem csak a Szentháromság téren álló szoborcsoport állít emléket a 18. század súlyos pestisjárványainak.
A Krisztina téren látható Mária szobor szintén a pestis miatt emelt fogadalmi emlék, amit 1702-ben állíttatott fel egy budai üveges mester a mai Magyar Jakobinusok terén, és amelyet 150 évvel később helyeztek át a Krisztina térre, az ott álló plébániatemplom mellé.
Mivel megrongálódott, hogy megóvják az enyészettől, 1927-ben múzeumba vitték, így napjainkban csak a másolata áll az eredeti szobor helyén. A pestis dúlta időszakban épült a mai Rókus kórház elődje is.
1711-ben tört ki a 18. század legnagyobb magyarországi pestisjárványa, ezért a városi tanács lezáratta a városkaput, és a városfaltól távol álló pestiskórházat épített. Amikor a nagy járvány kiadta dühét, kápolnát emeltek a fekete halál áldozatainak emlékére, amelyet a pestisből kigyógyulók ferences rendi védőszentjéről, Szent Rókusról neveztek el. A Szent Rókus-kápolna ma a Rákóczi úton, az Uránia-mozi közelében látható.