1879. március 12-én a hajnali órákban évek óta érlelődő katasztrófa sújtott le Szegedre: a tavaszi jégolvadás miatt eleve bővebb folyású Tisza az utóbbi évek során a hajózhatóságot elősegítő szabályozások miatt egyre sebesebbé is vált, e két tényező pedig találkozott a város elégtelen árvízvédelmi intézkedéseivel.
1855 óta egyre gyakrabban előfordult, hogy tavasszal átcsapott a szedett-vedett töltéseken a folyó, azonban nem történtek átfogó lépések a helyzet orvoslására.
A közel háromméteres ár az egész várost elborította, 146 ember életét követelve. „A házak legnagyobb része nem lévén téglából vagy kőből való, 5458 ház összeomlott és csak 265 épület állta meg az árvizet; 60 000 ember hajlék nélkül maradt” – írta a város újjáépítését vezető Lechner Lajos a munkálatokról később megjelent könyvében.
Az árvizet követően helyszíni szemlét tett az uralkodó is, majd a korábbi közlekedési minisztert, Tisza Lajos országgyűlési képviselőt (Tisza Kálmán öccsét) kinevezte a helyzet elhárításáért felelős királyi biztossá. Irányítása alatt szivattyúzással, illetve szádfalak építésével sikerült a víztömeget hamar elvezetni, számos épületet megmentve a javíthatatlan károsodástól.
Ferenc József látogatása nem csupán Magyarországon volt hír: az uralkodó útja a katasztrófára irányította a figyelmet Európa-szerte, mintegy 35 ország járult hozzá különféle gyűjtésekkel Szeged újjáépítéséhez (Franciaországban a gyűjtést az ott élő és alkotó Munkácsy Mihály szervezte).
Az helyreállítás műszaki vezetése Lechner Lajosra hárult, aki Budapest modern várostervével már korábban bizonyított. Lechner tervei alapján vette fel Szeged ma is ismert formáját, és vált korszerű felépítésű, gondosan megtervezett várossá.
Az árvíz voltaképpen kiváló alkalmat biztosított a modernizálásra. A város csatornázásával mindig is gondok voltak alacsony és vízszintes fekvése miatt – gyakran egy kisebb esőzés hatalmas vízszintemelkedést eredményezett –, és középületek dolgában sem állt túl jól Szeged: a város hivatalainak többsége különböző, egyáltalán nem a célnak megfelelő épületekben volt addig elhelyezve.
A megújuló városháza mellett új színház, posta és laktanya épült, emellett ekkoriban épült fel a Csillag börtön, a törvényszéki palota, a pénzügyigazgatóság, valamint számos iskola, óvoda és templom is.
A lakóépületek tekintetében sem volt híján az építkezéseknek a város: Lechner könyve szerint „1883-ig 26 kétemeletes, 211 egyemeletes, 836 magas földszintes, 1314 földszintes utcai lakóház és 246 udvari földszintes lakóház, azonkívül 514 műhely, istálló, gazdasági épület és 80 szín épült újonnan a romok helyén.”
Az újjáépítés adta meg az alkalmat a város útjainak lekövezésére is – ez korábban csak a legforgalmasabb szakaszokra volt jellemző. Ekkor épült Szeged első állandó Tisza-hídja is, a pályázaton győztes Gustave Eiffel vállalatának tervei alapján.
A legfontosabb azonban talán mégis az árvízvédelmi rendszerek kiépítése volt: Lechner irányítása alatt 16 millió köbméter föld megmozgatásával készült a vízszint felett 10 méter magasságú töltés, amely hatékonyan biztosította a minden irányból víz által fenyegetett város védelmét.
A belterületi partszakaszon emellett külön partfal is épült, amelyhez beton- és téglafalakat, valamint cölöpök ezreit alkalmazták. A korábbi állapotokra a partra kiszórt szeméthalmok voltak leginkább jellemzők, amelyek árvíz idején még omlásveszélyt is jelentettek.