Wolfflin János néven a dél-csehországi Pomukban (ma: Nepomuk) született, német-cseh ősökkel rendelkező egyszerű paraszt szülők gyermekeként. Születésének időpontja vitatott, egyes források 1331-re, mások 1340-re vagy 1350-re teszik. Életútjának állomásairól is ellentmondásos adatok vannak, annyi bizonyos, hogy tanulmányait előbb szülővárosában, majd a prágai egyetemen folytatta, ahol jogot is tanult. Később Itáliában, a padovai egyetemen folytatott tanulmányokat, ahol kánonjogból doktorált.

1369-ben császári jegyző lett a prágai érseki kancellárián, és 1380-ban pappá szentelték.

Jogi tanulmányainak befejezése után gyorsan haladt fölfelé az egyházi ranglétrán. Mint egyházi méltóságot és jelentős hitszónokot egész Prága ismerte és szerette.

Állítólag még magára a botrányos életet élő IV. Vencel cseh királyra is hatással voltak beszédei, de a király feleségére, Bajor Johannára minden bizonnyal, mert gyóntatópapjául is választotta.

A Szent Jánoshoz fűződő legendák közül az egyik szerint János meghallgatta Johanna gyónását. Ezután a király, aki egy sikertelen mérgezési kísérlet után bizalmatlanná és agresszívvé vált, szerette volna megtudni a királyné titkait, és választás elé állította Jánost: vagy elárulja, mit mondott neki az asszony, vagy kínpadra kerül.

Ő azonban a király előtt is megőrizte a gyónási titkot, ezért annak parancsára megkínozták és a Moldva hídjáról a folyóba dobták. A hagyomány szerint, amikor a szent teste elmerült, öt csillag bukkant fel a vízből (ez lett János egyik attribútuma). A kétségtelenül megrendítő, és János hűségéről, állhatatosságáról tanúskodó történet azonban valóban csak legenda, ugyanis Johanna királyné már 1383-ban meghalt, és nem valószínű, hogy a király tíz évet várt volna a bosszúval.

A legtöbb történetírói hagyomány egyetért abban, hogy János mártíromságának egész más oka volt.

Azokban az években nagyon feszült volt a viszony Johann von Jenstein prágai érsek és az uralkodó között. 1392-ben az érsek panaszlevelet adott át a királynak, amelyben sérelmezte az egyház és a klérus elnyomását. A király a prágai érsek hatalmát egy új püspökség létrehozásával akarta meggyengíteni, amelyhez a kladruby-i birtokokat csatolta volna. 

A kladruby-i apát halálára várt, kinek helyére egyik hívét nevezte volna ki. Johann von Jenstein természetesen ellenezte a király tervét, és helynöke, Nepomuki János által azt tanácsolta a szerzeteseknek, hogy az apát halála után azonnal válasszanak új apátot. Amikor mindez megtörtént, a felbőszült király magához hívatta az érseket és néhány papját, köztük Jánost is.

Az érseknek még időben sikerült elmenekülnie, azonban Jánost, három másik pappal együtt, elfogták, kegyetlenül megkínozták, és megparancsolták nekik, hogy ne szolgálják tovább az érseket. Minden bizonnyal a kínzások hatására hárman eleget is tettek ennek, de Nepomuki János hajthatatlan maradt, kitartott az érsek mellett, emiatt aztán 1393. március 20-án a Károly hídról a Moldva folyóba dobták.

Az érsek később így számolt be az esetről a pápához intézett jelentésében: Helynökömnek az oldalát oly súlyosan összeégették, hogy erőszakos halál nélkül is bele kellett volna halnia. Azután a tiszteletreméltó János doktort teljes nyilvánosság mellett a város útjain és utcáin át a Moldvához vonszolták. Ott kezét hátrakötötték, a fejét karikában a lábához erősítették, és száját egy fapöcökkel szétfeszítették, majd a prágai hídról letaszították, és így vízbe fulladt.

Nepomuki János holttestét a prágai Szent Vitus-székesegyházban temették el. Nyelve épen maradt ereklyéjét is itt őrzik. Egy legenda elbeszéli még, hogy kénytelenek voltak sírját ráccsal elkeríteni, mert aki tisztességtelen szándékkal lépett síremlékéhez, azt Isten súlyos büntetése érte.

Szentté avatására évszázadokkal később került sor, a 16. században elkezdték, de csak 1729. március 19-én fejezték be, amikor XIII. Benedek pápa szentté avatta. Szobra ma is ott áll a prágai Károly-hídon, de számos településen megtalálhatóak szobrai a hidak mellett, vizek szélén. Csehország, a papság és a gyónási titok védőszentje, továbbá a molnárok, vízimolnárok, hajósok, halászok is őt hívják segítségül.

Olyan hivatásokhoz kapcsolódóan kérik még közbenjárását, ahol a szavaknak kifejezetten jelentősége van (igazmondás, fegyelmezett nyelv) – így a papságon kívül ügyvédek, jogászok, bírók, újságírók, tanítók védőszentje is. Emléknapja május 16-a, „mennyei születésnapja.” Szentté avatása után egyes nyelvterületeken a legnépszerűbb újkori szent lett.