A hivatásos katona Czetz – aki ausztriai vezérkari akadémiát végzett kimagasló eredménnyel – a világosi fegyverletétel után az emigrációban kamatoztatta tapasztalatait. Évtizedes vándorlása 1860-ban ért véget, midőn házasságkötése révén Argentínában letelepedett. Előbb földmérőként dolgozott a dél-amerikai országban, majd – miután ezredesi rangban kinevezték egy hadmérnöki csoport főnökévé – feltérképezte Argentína Paraguay-jal és Brazíliával határos vidékét. Emellett számos vasútvonal építkezését is irányította.

Műszaki alakulatot állított fel, ennek tagjai máig a Czetz által tervezett díszuniformist viselik. Államfői felkérésre ő szervezte meg Argentína első katonatiszti főiskoláját, majd a hadi akadémiát, később pedig a hadmérnöki főiskolát.

 „Juan Fernando” Czetz megérte a 20. századot, 1904-ben halt meg Buenos Airesben. Hamvait a temetőből 1969-ben szállították át az általa alapított tanintézet kápolnájába. Sírtábláján a spanyol szöveg előbb csak arról szólt,hogy az alatta nyugvó „argentin ezredes” főiskola első igazgatója volt.

Argentínai magyarok kérésére később azt is rávésték, hogy itt magyar tábornok és erdélyi főparancsnok alussza örök álmát.

Az argentínai magyar közösség a helyi hatóságokkal együttműködve 2004-ben avatta fel a Plaza Hungríát, a Magyar teret, amelynek központi eleme a Magyarok Világszövetségének ajándéka, a székely kapu - Czetz faragott arcképével, és Szent István király mellszobrával.