Egy székely földműves család harmadik gyermeke volt. Gyulafehérvárott érettségizett 1915-ben, három nappal később megkapta katonai behívóját. Az I. világháború alatt hadnagyként szolgált Doberdónál és az Ojtozi-szorosban, háromszor sebesült meg.

Leszerelése után volt földműves és tisztviselő, 1920-ban jelentkezett a Gyulafehérvári Papneveldébe. 1924-ben szentelték pappá, ezután káplán, hittantanár, 1930-tól udvari káplán és püspöki levéltáros, 1932-től püspöki titkár volt.

1934-ben az Erdélyi Római Katolikus Népszövetség ügyvezető igazgatója lett, emellett alapítója és szerkesztője volt az Erdélyi Iskola című nevelésügyi folyóiratnak, jelentős szerepet töltött be az egyházi kereteken túllépő népművelői rendszer megalapozásában. 1937-től címzetes kanonok, 1938-tól kolozsvári plébános volt.

XI. Piusz pápa 1938 decemberében nevezte ki Gyulafehérvár megyéspüspökének, s a következő év februárjában szentelték fel. Jelszavának, amelyhez egész életében hű maradt, ezt választotta: Non recuso laborem - Nem riadok vissza a munkától. A következő nehéz évtizedekben az általa vezetett egyház biztos támasza volt az erdélyi magyarságnak. Márton Áron karizmatikus személyiség volt, szavaiból, tetteiből belső erő, sziklaszilárd hitbeli meggyőződés áradt.

Amikor az 1940. augusztus 30-i, Erdély egy részét visszajuttató második bécsi döntés kettészakította egyházmegyéjét, ő a továbbra is Romániához tartozó Gyulafehérvárott maradt, hogy ott rekedt hívei ne maradjanak pásztor nélkül. 1944 májusában felemelte szavát a magyarországi zsidóság akkor kezdődött deportálása ellen. A II. világháborút lezáró 1947-es párizsi béke a trianoni határokat állította vissza. A püspök erélyesen tiltakozott, amikor a bukaresti kormány 1948-ban felmondta a Vatikánnal kötött konkordátumot, majd államosította az egyházi iskolákat. Szót emelt a magyar kisebbség jogaiért, nyíltan szembefordult a kommunista hatalommal.

Az állami szervek részéről nyílt támadások érték, állandó megfigyelés alá helyezték. Az 1949-es csíksomlyói búcsúra ünnepélyesen, lóháton vonult be, beszédét százezrek hallgatták.

Két héttel később letartóztatták, elterjedt halálhíre, hollétéről még a Vatikánban sem tudtak, de a pápa - pappá szentelésének 25. évfordulóján - címzetes érsekké nevezte ki. Két éven át raboskodott, majd 1951-ben a bukaresti hadbíróság koncepciós perben, hazaárulás vádjával tíz év szigorított fegyházra és életfogytiglani kényszermunkára ítélte.

Külföldi nyomásra 1955-ben szabadlábra helyezték, s ismét átvette egyházmegyéje vezetését. Bérmaútjai valóságos diadalmenetté változtak, körleveleiben, prédikációiban programot hirdetett. A hatóságok ezt nem nézték jó szemmel, és 1957-ben házi őrizetbe helyezték, a püspöki palotából csak a székesegyházba mehetett, de látogatókat fogadhatott, papokat is szentelhetett.

"Palotafogsága" alól csak 1967-ben mentették fel. 1969-ben utazhatott el a vatikáni püspöki szinódusra, 1971-ben fogadta VI. Pál pápa. A román állami egyházügyi vezetéssel semmilyen kompromisszumra nem volt hajlandó, nehogy a tárgyalásokkal azt a benyomást keltse a világ előtt, mintha az országban vallásszabadság volna.

Az idős, betegséggel küszködő főpap, aki püspöksége idején szinte mindvégig fogoly volt (a bécsi döntés után Gyulafehérvár, a kommunista hatalom berendezkedésekor a börtön, majd egy évtizedig püspöki rezidenciájának foglya), polgárjogainak visszaadása után immár saját gyengeségének lett foglya. 1976-tól több alkalommal felajánlotta lemondását a Vatikánnak, de ezt csak 1980. április 2-án fogadta el II. János Pál pápa. Márton Áron fél évvel később, szeptember 29-én hunyt el veserákban, holttestét a püspöki kriptában helyezték örök nyugalomra.

Temetésén a következőképpen méltatták: Üstökösként járt elöl, hogy az Isten és hit megbecsülése által érzékennyé tegye a népeket az igazságra, az élet értékének felfogására és megbecsülésére. 1999-ben a jeruzsálemi Jad Vasem Intézet a Világ igaza címet adományozta Márton Áronnak, ez volt az első alkalom, hogy a kitüntetést nem tettekért, a holokauszt idején az üldözöttek cselekvő mentéséért, hanem erkölcsi kiállásért, szavainak erejéért ítélték oda valakinek.

A püspök emlékét Erdélyben számos helyen őrzik, iskolákat, intézményeket, utcákat, egyesületeket neveztek el róla, első szobrát 1995-ben Székelyudvarhelyen avatták fel. Szülőfalujában, Csíkszentdomokoson található emlékmúzeuma, a gyulafehérvári püspöki palotában emlékszobája, szellemi hagyatékát 2005-2014 között adták ki. Szentté avatási eljárása folyamatban van.

A magyar kormány 2016-ot Márton Áron-emlékévvé nyilvánította, amelynek keretében konferenciákon, vándorkiállításon, életútját végigjáró zarándoklaton emlékeznek meg róla. Csíkszeredában pünkösdkor avatták fel emlékművét, és a 2016-os krakkói Katolikus Ifjúsági Világtalálkozó résztvevői is megismerhették életét, munkásságát.MTI