A 18. századi magyar oktatás legfelsőbb szintű intézménye a Pesti Királyi Tudományegyetem, a Pázmány Péter által 1635-ben Nagyszombatban alapított, majd Budára, 1784-ben pedig Pestre költöztetett egyetem jogutódja volt.

A Pestre költözéskor II. József elrendelte egy állatgyógyászati tanszék felállítását, amelynek előkészítését, illetve a megszervezésre alkalmas személy kijelölését Johann Amadeus Wolfsteinre, a bécsi állatorvosi intézet professzorára bízta.

Wolfstein fedezte fel azt az embert, akinek neve aztán egybeforrt a korai magyar állatorvosi oktatással, az akkor éppen orvosjelölt Tolnay Sándort. Tolnay az uralkodótól 200 forintos ösztöndíjat kapott a külföldi állatorvosi intézetekben való tanulásra, tapasztalatszerzésre.

Az orvosi és állatorvosi diplomát is magáénak tudó Tolnay 1786 decemberében kapta meg a megbízást a „baromorvoslás ismeretének” oktatására, a Helytartótanács pedig február 6-án rendelte el az illetékes tanszék megszervezését a Tudományegyetem orvosi karának keretein belül.

Tolnay és segítői évtizedeken át rendkívül nehéz körülmények között, minimális felszereléssel és anyagi eszközökkel ellátva vezették az orvosi kar mostohagyerekének tekintett, alacsony társadalmi státusszal rendelkező állatorvosi tanszéket. A tudományos és hivatalos körök lenézésén túl az állattenyésztők értetlen, sokszor ellenséges hozzáállásával is meg kellett küzdeniük. Tolnay utódai sem voltak könnyebb helyzetben: a tanszék, mely 1851-ben önállósult Magyar Királyi Állatorvosi Intézet néven, majdnem egy évszázadon át sokszor a puszta fennmaradásáért harcolt. A változást Tormay Béla 1875-ös igazgatói kinevezése hozta el, akinek miniszteri tanácsosként, Trefort Ágoston közeli barátjaként, emellett kitűnő állatgyógyász szakemberként minden lehetősége megvolt rá, hogy az állatorvosi képzést és az annak immár (miután az orvosi karon megszűnt az állatjárványtan oktatása) egyedül otthont adó intézményt fellendítse.

Az ő munkásságára alapozva vált az Intézet előbb 1890-ben Magyar Királyi Állatorvosi Akadémiává, immár négy évfolyamos, felsőfokú oktatást nyújtva, majd 1899-ben Hutÿra Ferenc igazgatósága alatt és vezetésével egyetemi jellegű Magyar Királyi Állatorvosi Főiskolává.

Az intézmény fejlődését elősegítette a korszerű, az oktatás speciális követelményeinek megfelelő épületekbe költözés 1880–1881 között, illetve a kiváló szakemberekből formálódó tudományos műhely szellemi légköre is. A már említett Hutÿra Ferencen kívül olyan neves tudósok vettek részt az oktatásban, mint Marek József, Azary Ákos, Preisz Hugó, Magyary-Kossa Gyula, vagy Aujeszky Aladár. Munkálkodásuk az Állatorvosi Főiskolát nemzetközi szinten is elismert, Európa hasonló iskoláival vetélkedő színvonalú képzést nyújtó intézménnyé tette.
A Hutÿra és Marek által írt állatorvosi tankönyvet több nyelvre lefordították, világszerte alkalmazva annak tananyagát és módszertanát.

1934-ben a főiskola elvesztette önállóságát, és költségvetési racionalizálás okán az újonnan alakított József nádor Műszaki és Gazdaságtudományi Egyetem égisze alatt összevonták a József Műegyetemmel, a Tudományegyetem Közgazdaságtudományi Karával és a Bánya- és Erdőmérnöki Főiskolával.

A következő évtizedek a gyakori átszervezés jegyében teltek: 1945-ben a Magyar Agrártudományi Egyetem állatorvosi karává vált, majd 1952-ben önállóságát visszanyerve Állatorvostudományi Főiskola néven folytatta működését. Tíz évvel később, 1962-ben egyetemi státuszt kapott, ezt a 2000-ben lezajlott, a Szent István Egyetembe történő integrációjáig meg is őrizte.

2016-ban aztán az Állatorvos-tudományi Kar ismét kivált az egyetemből, és újra Állatorvostudományi Egyetemként folytatja a képzést. Jelenleg 1900 hallgató, köztük 650 külföldi diák látogatja a három képzési nyelvű intézményt.